IDMIT est un département du CEA qui développe des programmes de recherche préclinique et clinique sur les maladies infectieuses, les maladies auto-immunes et sur l'immunologie humaine. Il s'intéresse notamment aux interactions hôte-pathogènes, à l'immunité des muqueuses et possède une expertise solide en vaccinologie.

IDMIT héberge par ailleurs l’infrastructure nationale de recherche en biologie-santé du même nom. Ainsi, six laboratoires sont en charge de programmes de recherche technologique et de l'exploitation des plateformes technologiques, dans les domaines de la cytométrie, l'imagerie in vivo, l'immuno-monitoring, la pharmacologie, la zootechnie et le bien-être animal, ainsi que l'informatique et la bio-informatique.